زمين شناسي پزشکي" علمي است که به بررسي ارتباط بين عوامل زمين شناسي با سلامت انسان ها و جانوران و تأثير عوامل زيست محيطي بر پراکندگي جغرافيايي بيماري هاي مرتبط مي پردازد. 
بنابراين زمين شناسي پزشکي موضوعي گسترده و پيچيده است که براي شناسايي، کاهش يا حل مشکلات موجود نياز به ارتباط با رشته هاي مختلف علمي دارد. 
فلزات و نافلزات اگر به مقادير غيرطبيعي وارد بدن شوند منجر به بروز مشکلات قابل توجهي مي گردند. گروهي از فلزات براي سلامتي ما سودمند و گروهي ديگر مضر هستند. فعاليت هاي انساني (از هر نوع) باعث انتقال فلزات از جايگاه هايشان به مکان هايي مي شود که در آينده براي سلامت انسان ها و جانوران مشکلاتي را به وجود خواهند آورند. اين مشکلات در مکان هايي که بارندگي هاي اسيدي روند دسترس پذيري فلزات سنگين (مانند جیوه) و در نتيجه جذب آنها در زنجیره غذايي را تسهیل می کند، تشديد مي شوند. به علاوه باران های اسیدی در این مکان ها باعث عدم دسترسی موجودات زنده به برخي از عناصر کم مقدار مانند سلنيم می شوند. 
عناصر سمي موجود در خاک و سنگ حاصل واکنش هاي ژئوشيميايي طبيعي یا فعاليت هاي انساني هستند و معمولا بر سلامتي انسان اثر مي گذارند؛ در واقع اين عناصر از طريق غذا يا نوشيدني وارد بدن مي شوند. اگرچه در بسياري از مناطق فقط از غذاهاي محلي استفاده می شود ولي جوامع صنعتي مدرن اغلب خواهان غذاهای متنوعی هستند که در مناطق جغرافيايي مختلف توليد می شود. آب آشامیدني معمولا به طور محلي تأمين می شود و عمدتا متأثر از ژئوشيمي محلي است. ورود بیش از اندازه برخی از ترکیبات غیرآلی به بدن از طریق آب های آشامیدني باعثبروز مشکلاتی در برخی از کشورها شده است . از بيماری های جهاني مربوط به زمين شناسي پزشکي مي توان به گواتر (کمبود يد) و بيماريهاي مربوط به فزوني يا کمبود عناصري خاص مانند فلورين يا سلنيم اشاره کرد. بيماريهاي قلبي-عروقي مرتبط با سختي آب (متأثر از محیط های جغرافيايي) نيز يکي ديگر از موضوعات زمين شناسي پزشکي است. 
بسياري از سنگ ها دارای سطوح بالای اورانیوم هستند مانند شيل هاي زاجي، گرانيت هاي خاص و پگماتيت ها. تنفس يا بلع مقادير غير عادي گاز راديواکتيو رادون که از منابع طبيعي راديواکتيو در چنين سنگ هايي ايجاد مي شود، خطري مهم براي سلامت عموم محسوب می شود. آمار سرطان هاي ريه ناشي از رادون رو به افزايش است. مطالعات اخير نشان داده است که نوشيدن آب مملو از رادون خطرات قابل توجهی را برای انسان ها به خصوص گروه هاي خاص مانند کودکان و افراد سالخورده به وجود می آورد. ميزان رادون موجود در آب مستقيما به شرايط جغرافيايي محلي مرتبط مي شود. 
با توجه به کمبود برخی از عناصر( روی، آهن، ید و …)، بالابودن سطوح رادیواکتییته طبیعی(رادون) در برخی نقاط شمالی کشور، معضلات بهداشتی در دام ها ناشی از کمبود مس در برخی نقاط کشور، وجود آنومالی هایژئوشیمیایی در بسیاری از نقاط کشور و … انجام مطالعات زمین شناسی پزشکی در ایران ضروری به نظر می رسد. 
پایگاه ملی داده های علوم زمین کشور با هدف ارتقا این موضوع در میان متخصصین زمین شناسی، پزشکی، بهداشت و عموم مردم، مجموعه مطالعات سامان یافته ای را پیرامون تدوین بانک اطلاعاتی، گردآوری و اطلاع رسانی این موضوعدر ایران و سایر نقاط جهان در دست انجام دارد.